首先，要依據土質搭配底肥。 
　　土質決定了如何施用底肥。不同地區的棚室，土壤的質地不同，保水保肥的能力不同，差異較大的是沙質土與黏質土。其中，沙質土保水保肥能力差，沙土地的肥力水平要低于黏土地，而黏質土的供肥能力差，因此，在施用底肥時，要區別對待。對于沙土地，應增施有機肥，同時配合施用土壤改良劑或保水劑，可增強其保水保肥能力。而黏土地透氣性差，團粒結構形成少，可通過施用稻殼雞糞或秸稈還田等措施加以改良。 
　　其次，要依據棚齡施用底肥。 
　　當前，每個大棚種植區棚室的棚齡差別很大，有的是近幾年剛建的新棚，有的是近20年的老棚。對于新建的棚室，原種植地塊的表層熟土多被取走用于堆砌墻體，這樣，剛建的新棚表層土為生土，它所含的有機質很少，各種養分含量不足，必須通過使用基肥加以改土沃土。建議畝用20立方米的稻殼雞糞或鴨糞，40-50公斤三元復合肥以及中微量元素肥，深翻入土，并在蔬菜定植前，穴施生物菌肥，補充土壤中的有益菌。 
　　對于老棚，則由于常年使用肥料，尤其是沖施了大量的化學肥料，多表現為養分含量高，但利用率低的情況，因此，在老棚生產中應特別注意增施生物菌肥，以提高養分利用率。糞肥每畝施用15立方米左右，而化肥的使用量應注意減半。 
　　再次，要根據種植的作物搭配底肥。 
　　蔬菜種類不同，基肥的用量應有差異。如瓜類、茄果類蔬菜需肥量大，建議雞糞每畝施用量在20立方米左右，化肥40-50公斤。像豆類蔬菜，因其根部共生的根瘤菌具有固氮能力，所以可根據情況適當減少基肥中氮肥的使用量，以免發生旺長。可每畝施用5-8立方米雞糞的基礎上，配合施用30-40公斤硫酸鉀復合肥。